Клее родился, провел значительную часть жизни и умер в Швейцарии.

Работал в тесном контакте с объединением «Синий всадник», его графические работы экспонировались на второй выставке «Черное-белое» (Die zweite Ausstellung der Redaktion Der Blaue Reiter Schwarz-Weiß), организованной объединением в 1912 г. До 1914 г. художник работал в основном с графикой. После путешествия по Тунису, которое Клее совершил вместе с Августом Макке и Луи Муалье, в его творчестве произошел поворот к живописи.

Как и его друг Василий Кандинский, Клее с 1921 г. преподавал в Баухаусе в Веймаре, а затем, после переезда школы, и в Дессау. С 1931 г. он был профессором Дюссельдорфской академии художеств. После прихода к власти в Германии национал-социалистов Клее был освобожден от занимаемой должности и вернулся в Берн, где провел свои последние годы. Несмотря на тяжелую прогрессирующую болезнь (склеродермия), в этот период художник много и плодотворно работал. Автор теоретических сочинений «Творческое кредо» (Schöpferische Konfession, 1920) и «Педагогические эскизы» (Pädagogisches Skizzenbuch, 1925).