Клее родился, провёл значительную часть жизни и умер в Швейцарии.
Клее работал в тесном контакте с объединением «Синий всадник», его графические работы экспонировались на второй выставке «Чёрное-белое» (нем. «Die zweite Ausstellung der Redaktion Der Blaue Reiter Schwarz-Weiß»), организованной объединением в 1912 году. До 1914 года художник работал в основном с графикой. После путешествия по Тунису, которое художник совершил вместе с Августом Макке и Луи Муалье, в его творчестве произошёл поворот к живописи.

Как и его друг, Василий Кандинский, Клее с 1921 года преподавал в Баухаусе в Веймаре, а затем, после переезда школы, и в Дессау. С 1931 года он был профессором Дюссельдорфской академии художеств. После прихода к власти в Германии национал-социалистов он был освобожден от занимаемой должности и вернулся в Берн, где провёл последние годы. Несмотря на тяжёлую прогрессирующую болезнь (склеродермия) в этот период Клее много и плодотворно работал. Автор теоретических сочинений «Schöpferische Konfession» (1920) и «Педагогические эскизы» (нем. Pädagogisches Skizzenbuch, 1925).